Công văn 7191/CT-QLNT: Trường hợp doanh nghiệp nhỏ và vừa không được miễn thuế TNDN 03 năm

Ngày 29/9/2026, Cục Thuế ban hành Công văn số 7191/CT-QLNT trả lời Thuế tỉnh Cao Bằng về vướng mắc chính sách miễn thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) của Công ty Cổ phần Đông Bắc Capital. Theo đó, công ty không được miễn thuế TNDN 03 năm dành cho doanh nghiệp nhỏ và vừa, do một trong những người góp vốn cao nhất đang là đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp khác còn hoạt động.

1. Chính sách miễn thuế TNDN 03 năm

• Doanh nghiệp nhỏ và vừa được miễn thuế TNDN trong 03 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu (khoản 4 Điều 10 Nghị quyết số 198/2025/QH15 ngày 17/5/2025 của Quốc hội).
• Thời gian miễn thuế được tính liên tục từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu (điểm a khoản 3 Điều 7 Nghị định số 20/2026/NĐ-CP ngày 15/01/2026 của Chính phủ).
• Doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận trước thời điểm Nghị quyết 198/2025/QH15 có hiệu lực mà còn thời gian áp dụng ưu đãi thì được hưởng ưu đãi cho thời gian còn lại (điểm a khoản 3 Điều 7 NĐ 20/2026/NĐ-CP).

Lưu ý: Quy định tại khoản 3 Điều 7 NĐ 20/2026/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày Nghị quyết 198/2025/QH15 có hiệu lực thi hành và áp dụng từ kỳ tính thuế năm 2025 (khoản 2 Điều 16 NĐ 20/2026/NĐ-CP). Theo đó, ưu đãi được áp dụng cho toàn bộ kỳ tính thuế năm 2025, không chỉ cho phần thu nhập phát sinh từ ngày 17/5/2025.

2. Trường hợp không được áp dụng ưu đãi

• Ưu đãi không áp dụng đối với doanh nghiệp thành lập mới mà một trong các cá nhân sau đã tham gia hoạt động kinh doanh với vai trò là người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất tại doanh nghiệp khác (tiết b2 điểm b khoản 3 Điều 7 NĐ 20/2026/NĐ-CP):
• Người đại diện theo pháp luật, trừ trường hợp người này không phải là thành viên góp vốn.
• Thành viên hợp danh.
• Người có số vốn góp cao nhất.
• Doanh nghiệp khác nêu trên gồm:
• Doanh nghiệp đang hoạt động.
• Doanh nghiệp đã giải thể nhưng chưa được 12 tháng tính từ thời điểm giải thể doanh nghiệp cũ đến thời điểm thành lập doanh nghiệp mới.
• Ngoài ra, ưu đãi cũng không áp dụng đối với:
• Doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp (tiết b1 điểm b khoản 3 Điều 7 NĐ 20/2026/NĐ-CP).
• Thu nhập quy định tại khoản 3 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 (tiết b3 điểm b khoản 3 Điều 7 NĐ 20/2026/NĐ-CP).

3. Kết luận của Cục Thuế

• Tại Công ty Cổ phần Đông Bắc Capital, một cá nhân vừa là một trong những người có số vốn góp cao nhất tại công ty, vừa là đại diện theo pháp luật của một doanh nghiệp khác hiện vẫn đang hoạt động. Cục Thuế xác định công ty không được áp dụng ưu đãi miễn thuế TNDN theo khoản 3 Điều 7 NĐ 20/2026/NĐ-CP.
• Cục Thuế đề nghị Thuế tỉnh Cao Bằng căn cứ quy định và đối chiếu tình hình thực tế của đơn vị để xử lý.

💡 Khuyến nghị cho doanh nghiệp

• Rà soát trước khi kê khai miễn thuế. Kiểm tra người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh và người góp vốn cao nhất xem có đã tham gia với một trong các vai trò này tại doanh nghiệp khác đang hoạt động, hoặc tại doanh nghiệp đã giải thể chưa đủ 12 tháng tính đến thời điểm thành lập doanh nghiệp mới hay không.
• Lưu ý phạm vi của mốc 12 tháng. Mốc 12 tháng chỉ áp dụng cho doanh nghiệp cũ đã giải thể. Với doanh nghiệp cũ đang hoạt động, quy định dùng cụm từ "đã tham gia" và không giới hạn thời gian. Trong một trả lời trên cổng Hỏi đáp Bộ Tài chính, Thuế cơ sở 15 TP. Hồ Chí Minh đã áp dụng theo hướng này: cá nhân đã chuyển nhượng hết vốn và thôi làm người đại diện theo pháp luật tại doanh nghiệp đang hoạt động vẫn khiến doanh nghiệp mới không được hưởng ưu đãi. Cục Thuế chưa có hướng dẫn chung về điểm này, doanh nghiệp nên tiếp cận thận trọng.
• Lưu ý vai trò được xét chéo. Người góp vốn cao nhất ở doanh nghiệp mới chỉ cần là đại diện theo pháp luật ở doanh nghiệp khác cũng đã thuộc diện loại trừ, như trường hợp trong công văn.
• Theo dõi thời điểm xét điều kiện. Theo cách hiểu của chúng tôi, điều kiện được xét tại thời điểm thành lập doanh nghiệp. Trường hợp sau khi thành lập mới thay đổi chủ sở hữu, người góp vốn cao nhất hoặc người đại diện theo pháp luật hiện chưa có hướng dẫn cụ thể. Khi được hỏi về một trường hợp đổi chủ sở hữu sau thành lập, Thuế cơ sở 23 TP. Hà Nội chỉ trích dẫn quy định (trong đó có tiết b1 và tiết b2) và đề nghị doanh nghiệp tự đối chiếu với tình hình thực tế. Đây là rủi ro cần theo dõi.
• Chủ động khai bổ sung. Doanh nghiệp đã kê khai miễn thuế từ kỳ tính thuế 2025 mà thuộc diện loại trừ nên rà soát và khai bổ sung.

Bản tin này được Crowe Vietnam tổng hợp nhằm cung cấp thông tin chung và không thay thế ý kiến tư vấn cho từng trường hợp cụ thể. Doanh nghiệp nên đối chiếu văn bản pháp luật gốc và tham vấn chuyên gia trước khi áp dụng vào tình huống thực tế.