Thời điểm doanh nghiệp chế xuất hưởng chính sách khu phi thuế quan và xử lý hóa đơn khi chuyển đổi mục tiêu dự án
Ngày 12/10/2026, Cục Thuế ban hành Công văn số 7552/CT-QLNT trả lời Thuế thành phố Bắc Ninh về thuế GTGT và hóa đơn đối với doanh nghiệp chế xuất (DNCX). Công văn làm rõ hai vấn đề:
- thời điểm DNCX bắt đầu được hưởng chính sách thuế của khu phi thuế quan;
- cách xử lý hóa đơn khi doanh nghiệp đã được cấp phép là DNCX nhưng chuyển đổi mục tiêu dự án ngay trong giai đoạn đầu tư xây dựng.
Nội dung này đáng chú ý với các DNCX đang triển khai dự án và với nhà cung cấp hàng hóa, dịch vụ cho họ.
1. Thời điểm DNCX được hưởng chính sách thuế của khu phi thuế quan
Theo khoản 3 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP, DNCX được hưởng ưu đãi đầu tư và chính sách thuế áp dụng cho khu phi thuế quan kể từ thời điểm mục tiêu thành lập DNCX được ghi tại một trong các giấy tờ do cơ quan đăng ký đầu tư có thẩm quyền cấp:
- Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư;
- Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư điều chỉnh; hoặc
- Giấy xác nhận đăng ký doanh nghiệp chế xuất.
2. Cơ quan hải quan xác nhận đáp ứng các điều kiện trước khi đi vào hoạt động
Sau khi hoàn thành xây dựng và trước khi chính thức hoạt động, DNCX phải được cơ quan hải quan có thẩm quyền xác nhận đáp ứng các điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan (khoản 3 Điều 26 NĐ 35/2022/NĐ-CP). Các điều kiện này được quy định tại khoản 1 Điều 28a Nghị định 134/2016/NĐ-CP, được bổ sung bởi khoản 10 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP.
Nếu không được xác nhận, doanh nghiệp không được hưởng chính sách thuế áp dụng đối với khu phi thuế quan (khoản 3 Điều 26 NĐ 35/2022/NĐ-CP).
3. Chuyển đổi mục tiêu dự án khỏi mô hình DNCX: điều chỉnh, thay thế hóa đơn
Cục Thuế hướng dẫn trường hợp doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư là DNCX, nhưng trong quá trình đầu tư xây dựng đã chuyển đổi mục tiêu dự án sang doanh nghiệp không hoạt động theo mục tiêu của DNCX.
Khi đó, nhà cung cấp và doanh nghiệp thực hiện điều chỉnh, thay thế hóa đơn điện tử đã lập trước đây theo quy định tại Nghị định số 70/2025/NĐ-CP, từ ngày 01/7/2026 thực hiện theo quy định tại Thông tư số 91/2026/TT-BTC.
💡 Khuyến nghị cho doanh nghiệp
- DNCX đang xây dựng: đối chiếu mục tiêu ghi trên Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (hoặc giấy điều chỉnh) với kế hoạch thực tế. Hoàn tất thủ tục xác nhận điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan trước khi đi vào hoạt động.
- Doanh nghiệp đã hoặc dự kiến chuyển mục tiêu khỏi mô hình DNCX: lập danh sách hóa đơn đầu vào đã nhận theo cơ chế DNCX và chủ động làm việc với từng nhà cung cấp để điều chỉnh hoặc thay thế.
- Nhà cung cấp cho DNCX: theo dõi thay đổi tình trạng pháp lý của khách hàng. Áp dụng đúng quy định về xử lý hóa đơn theo mốc 01/7/2026.
- Lưu đầy đủ hồ sơ chứng minh thời điểm chuyển đổi mục tiêu (giấy chứng nhận điều chỉnh, văn bản của cơ quan đăng ký đầu tư) để giải trình khi cơ quan thuế kiểm tra.
Bản tin này được Crowe Vietnam tổng hợp nhằm cung cấp thông tin chung và không thay thế ý kiến tư vấn cho từng trường hợp cụ thể. Doanh nghiệp nên đối chiếu văn bản pháp luật gốc và tham vấn chuyên gia trước khi áp dụng vào tình huống thực tế.
