Trường hợp người nước ngoài là cá nhân cư trú tại Việt Nam phát sinh thu nhập từ việc chuyển nhượng cổ phiếu của công ty tại Nhật Bản được xác định là thu nhập từ chuyển nhượng chứng khoán. Cá nhân thực hiện kê khai, nộp thuế theo thuế suất 0,1% trên giá chuyển nhượng và thực hiện nộp hồ sơ khai thuế tại Cục Thuế nơi cá nhân người nước ngoài đăng ký thường trú hoặc tạm trú.
Trường hợp Việt Nam và Nhật Bản đã ký Hiệp định tránh đánh thuế hai lần về vệc nộp thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập từ chuyển nhượng cổ phiếu thì thực hiện theo Hiệp định tránh đánh thuế đã ký.