Pokud není daň uhrazena včas, vzniká čtvrtý den po dni splatnosti daně úrok z prodlení. První tři kalendářní dny po splatnosti daně sice nepodléhají úroku z prodlení, avšak o daňovém subjektu platícím daň v tomto tolerančním období nelze tvrdit, že řádně plní své daňové povinnosti, což může mít do budoucna vliv např. na posuzování žádostí o prodloužení lhůty apod. Za den platby daně je považován den, kdy byla platba připsaná na účet finančního úřadu. Pokud úrok z prodlení nepřesáhne v úhrnu 1000 Kč, není finančním úřadem předepsán.
Úrok z prodlení se počítá z neuhrazené daně vynásobené výší úrokové sazby složené z repo sazby ČNB platné k prvnímu dni kalendářního pololetí (tedy k 1. lednu nebo 1. červenci) a navýšení o pevnou část ve výši 8 procentních bodů. V této souvislosti upozorňujeme, že sazba úroků z prodlení pro daňové účely se může během prodlení s placením daní pro jednotlivá kalendářní pololetí měnit.
Naopak dobrá zpráva pro daňové subjekty, kterým správce daně včas nevyplatil vratitelný přeplatek, nebo jim nesprávně stanovil daň. V těchto případech se úrok stanovuje ve shodné výši jako úrok z prodlení, tedy aktuálně rovněž 11,75 % p.a.