Beaucoup de professionnels de santé libéraux le pensent : « je ne facture pas de TVA, donc la réforme de la facturation électronique ne me concerne pas ». C’est une confusion fréquente, et coûteuse.

La réalité est plus nuancée : parce qu’ils exercent une activité économique indépendante à titre onéreux, les médecins, dentistes, kinésithérapeutes, sages-femmes, infirmiers libéraux et pharmaciens sont bien assujettis à la TVA, même si leurs actes thérapeutiques en sont exonérés. Et cette qualité d’assujetti déclenche une obligation nouvelle dès le 1er septembre 2026. Décryptage à l’attention des professionnels de santé installés en Charente-Maritime.

Les deux dates à retenir

La réforme de la facturation électronique s’applique en deux temps distincts. C’est un point souvent mal compris, alors qu’il change complètement l’ampleur de vos obligations.

1er septembre 2026 : obligation de RECEVOIR les factures électroniques.
Tous les assujettis à la TVA, sans exception, doivent disposer à cette date d’une plateforme agréée pour recevoir les factures électroniques que leurs fournisseurs commenceront à leur envoyer. Cette obligation vaut pour les professionnels de santé, y compris ceux qui ne réalisent que des actes exonérés.

1er septembre 2027 : obligation d’ÉMETTRE des factures électroniques.
Cette seconde obligation ne concerne que les assujettis qui réalisent effectivement des opérations taxées. Pour un professionnel de santé qui ne facture que des actes thérapeutiques exonérés, elle ne s’applique donc pas. En revanche, si vous exercez une activité annexe de médecin-conseil, d’expert ou si vous percevez des redevances de collaboration, vous serez concerné par l’émission dès 2027.

Le point à retenir en un mot

Si vous êtes médecin, dentiste, kinésithérapeute, sage-femme, infirmier libéral, pharmacien ou tout autre professionnel de santé exerçant à titre indépendant, vous devez avoir désigné une plateforme agréée pour la réception des factures électroniques avant le 1er septembre 2026. Peu importe que vous ne facturiez aucune TVA : votre qualité d’assujetti suffit à déclencher l’obligation.

Assujetti à la TVA sans être redevable : la nuance qui change tout

La TVA repose sur trois statuts qu’il faut bien distinguer pour comprendre pourquoi les professionnels de santé sont concernés par la réforme sans pour autant collecter de taxe.

L’assujetti

Est assujetti à la TVA toute personne qui exerce une activité économique indépendante à titre onéreux, quel qu’en soit le résultat. Un médecin qui reçoit des patients contre honoraires exerce une activité économique indépendante à titre onéreux : il est assujetti. La même logique vaut pour un dentiste, un kinésithérapeute ou un pharmacien titulaire.

Le redevable

Le redevable est celui qui doit reverser à l’État la TVA qu’il a collectée sur son chiffre d’affaires. Or, les actes à finalité thérapeutique bénéficient d’une exonération légale expresse, codifiée aux articles L. 213-95 à L. 213-101 du Code des impositions sur les biens et services (CIBS), applicable au 1er septembre 2026. Un professionnel de santé qui ne réalise que des actes thérapeutiques est donc assujetti mais non redevable : il ne collecte aucune TVA, et ne peut en contrepartie déduire aucune TVA sur ses achats.

Le redevable partiel

Un professionnel de santé qui réalise à la fois des actes thérapeutiques exonérés et des activités taxables (expertises, missions de conseil, redevances de contrat de collaboration) est un redevable partiel. Il collecte la TVA sur ses opérations taxées et peut déduire, dans les limites du prorata, la TVA sur les achats affectés à ces opérations.

Ce que vous devez faire concrètement avant le 1er septembre 2026

L’obligation de réception impose trois démarches. Aucune n’est complexe, mais toutes doivent être bouclées avant l’échéance sous peine de désorganisation dans la réception de vos factures fournisseurs.

Étape 1 : choisir une plateforme agréée

Vous avez le choix entre une Plateforme Agréée privée (PA) ou le Portail Public de Facturation (PPF), gratuit. Pour un professionnel de santé libéral au volume de factures fournisseurs limité (loyer, matériel, consommables, prestataires), le PPF est souvent suffisant. Pour un cabinet plus structuré ou une pharmacie, une PA privée offre en général plus de fonctionnalités : intégration avec le logiciel de comptabilité, tri automatique, archivage.

Étape 2 : enregistrer votre plateforme dans l’annuaire officiel

Une fois votre plateforme choisie, elle doit être déclarée dans l’annuaire national de la DGFiP. Cette formalité, généralement prise en charge par la plateforme elle-même, est indispensable : c’est elle qui permet à vos fournisseurs de savoir où vous adresser leurs factures.

Étape 3 : informer vos fournisseurs et prestataires

En pratique, dès le 1er septembre 2026, vos fournisseurs (grandes entreprises et ETI en premier) basculeront progressivement vers la facturation électronique. Un simple mail à vos principaux fournisseurs annonçant votre plateforme retenue et vos coordonnées SIRET-Siren évite les envois de factures papier ou PDF en parallèle, source de doubles saisies.

Les cas particuliers qui déclenchent une obligation supplémentaire

Certaines configurations font basculer un professionnel de santé du régime « assujetti simple » vers le régime « redevable partiel », avec des obligations plus larges.

Les activités d’expertise, de médecin-conseil ou d’enseignement

Un médecin qui effectue des expertises pour un tribunal, une compagnie d’assurance ou une caisse de sécurité sociale réalise des prestations sans finalité thérapeutique, soumises à la TVA au taux de 20 %. Il en va de même pour les missions de médecin-conseil auprès d’organismes de prévoyance ou d’enseignement dans un cadre professionnel rémunéré.

Un régime dit d’entité franchisée (ex-franchise en base de TVA) reste possible tant que le chiffre d’affaires tiré de ces activités taxables n’excède pas 37 500 € par an. En deçà, aucune TVA n’est collectée ni déduite, à condition de mentionner « TVA non applicable — Art. L. 223-3 et suivants du CIBS » sur les factures.

Les redevances de contrat de collaboration

Le titulaire d’un cabinet qui perçoit une redevance de collaboration d’un confrère collaborateur libéral perçoit une contrepartie soumise à la TVA. Selon le montant global de ces redevances et des autres opérations taxables, le titulaire peut basculer en régime réel dès le premier euro dépassant 37 500 €.

Les acquisitions intracommunautaires et importations

Un professionnel de santé qui achète du matériel médical à un fournisseur établi hors de France peut être soumis à l’auto-liquidation de la TVA sur l’acquisition. Sans droit à déduction pour un assujetti exonéré, cette TVA auto-liquidée reste à sa charge intégrale. Ce point mérite une vigilance particulière pour les cabinets qui commandent régulièrement à l’étranger.

Focus sur les configurations courantes en Charente-Maritime

Cabinets libéraux individuels ou de groupe

Les cabinets libéraux, très présents dans le tissu médical de Charente-Maritime (La Rochelle, Rochefort, Saintes, mais aussi zones rurales de l’Aunis, du Rochefortais et de la Saintonge), sont typiquement dans le cas « assujetti non redevable ». Obligation de réception oui, obligation d’émission non. Choix du PPF ou d’une PA légère selon le volume de factures.

Maisons de santé pluridisciplinaires (MSP)

Les MSP en développement en Charente-Maritime, notamment dans le nord du département et sur le territoire rochefortais, présentent une configuration particulière. La structure juridique porteuse (SISA le plus souvent) peut être elle-même assujettie et gérer les charges communes. Chaque professionnel reste par ailleurs assujetti individuellement. La coordination du choix de plateforme entre la structure et les professionnels associés est un point à cadrer.

Pharmacies d’officine

Les pharmacies d’officine sont un cas hybride. La vente de médicaments remboursables est exonérée, mais toute une part du chiffre d’affaires (parapharmacie, dispositifs médicaux non remboursables, cosmétique) est taxée. Les pharmaciens sont donc typiquement redevables partiels, et concernés par les deux obligations : réception dès le 1er septembre 2026, et émission dès le 1er septembre 2027.

Trois bonnes pratiques pour être prêt à temps

1. Faire le point sur votre profil TVA.
Assujetti non redevable, redevable partiel, ou assujetti relevant du régime de la franchise ? Cette qualification conditionne le périmètre exact de vos obligations. Un point avec votre expert-comptable en juillet ou début août laisse le temps de bien préparer la rentrée.

2. Choisir votre plateforme avant fin août.
Le PPF est gratuit et suffit à la plupart des cabinets libéraux. Une PA privée s’envisage si vous voulez intégrer la facturation à votre logiciel de comptabilité ou de gestion de cabinet. La décision doit être prise et la déclaration à l’annuaire national effectuée avant le 1er septembre.

3. Prévoir un point d’étape en septembre.
Les premières factures électroniques arriveront progressivement dès la rentrée. Un rendez-vous fin septembre avec votre équipe comptable permet de vérifier que le circuit fonctionne, que rien ne se perd, et que vos écritures comptables intègrent correctement les nouveaux flux.

L’équipe du Groupe Fiduroc à votre disposition

Nos collaborateurs et responsables du pôle Expertise comptable et Conseil accompagnent les professionnels de santé de Charente-Maritime, individuels, en groupe ou en MSP, dans le cadrage de leur profil TVA, le choix de leur plateforme agréée et la préparation opérationnelle de la bascule.
Une question sur votre situation précise ?
Contactez l’une de nos quatre agences (La Rochelle, Surgères, Ferrières, Rochefort) pour un point personnalisé.

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Sources
ATH, Le point sur… Professions de santé, TVA et obligations en matière de facturation électronique, juillet 2026.
Articles L. 213-95 à L. 213-101 du Code des impositions sur les biens et services (CIBS), applicable au 1er septembre 2026.
BOI-TVA-CHAMP-30-10-20-10, Bulletin officiel des finances publiques.
DGFiP, Portail public de la facturation, documentation officielle sur les plateformes agréées.