Arrêts de travail : la durée des prescriptions désormais plafonnée

Depuis le 1er septembre 2026, la durée des prescriptions d’arrêt de travail est encadrée par de nouveaux plafonds. Une mesure qui vise à mieux encadrer la durée des arrêts prescrits et qui peut conduire, pour les arrêts de longue durée, à davantage de prolongations à suivre par les employeurs.

Ce qui change au 1er septembre 2026

Depuis le 1er septembre, la durée d’une prescription d’arrêt de travail est plafonnée, avec des règles différentes selon qu’il s’agit d’une première prescription ou d’une prolongation.

• 31 jours maximum pour une première prescription d’arrêt de travail
• 62 jours maximum pour une prolongation.

Ces plafonds s'appliquent aux prescriptions et aux prolongations d'arrêt de travail établies à compter du 1er septembre 2026. 

À noter : le texte ne limite pas le nombre de prolongations possibles. Il encadre uniquement la durée de chacune d’entre elles.

Ces dispositions ne sont pas applicables à Mayotte. 

Une exception reste possible

Ces plafonds ne sont toutefois pas absolus. 

Le prescripteur peut prévoir une durée plus longue lorsqu’il justifie directement sur la prescription la nécessité de dépasser le plafond au regard de la situation du patient et, lorsqu’elles existent, des recommandations établies par la Haute Autorité de santé.

Cette possibilité permet ainsi de tenir compte des situations médicales nécessitant un arrêt de travail d’une durée plus longue.

Par ailleurs, lorsqu’un renouvellement d’arrêt de travail dépasse trois mois, le prescripteur peut solliciter l’avis du service du contrôle médical de l’Assurance Maladie.

En pratique, compte tenu du plafond de 62 jours applicable aux prolongations, cette possibilité concerne les situations dans lesquelles le prescripteur justifie médicalement une durée supérieure au plafond de droit commun.

Quelles conséquences pour les employeurs ?

Si le dispositif ne modifie pas, en lui-même, les règles de calcul des indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS), il peut avoir des conséquences pratiques sur le suivi des absences de longue durée.

Des prescriptions limitées à 31 jours, puis des prolongations plafonnées à 62 jours sauf dérogation médicalement justifiée, peuvent conduire l’employeur à recevoir plusieurs prolongations successives pour un même arrêt.

Pour autant, une prolongation d’arrêt de travail ne signifie pas qu’un nouveau signalement DSN doit systématiquement être transmis.

Lorsque la prolongation est établie pour le même motif que l’arrêt initial, qu’elle intervient sans interruption et que la durée totale de l’arrêt ne dépasse pas six mois, il n’est pas nécessaire d’établir une nouvelle attestation de salaire.

Pour les employeurs utilisant la DSN, il suffit alors de mettre à jour la date de fin prévisionnelle de l’arrêt dans le logiciel de paie, sans transmettre un nouveau signalement d’arrêt de travail.

Lorsque la durée totale d’un arrêt maladie dépasse six mois, une nouvelle attestation de salaire doit en revanche être transmise selon les modalités prévues par l’Assurance Maladie.

Les employeurs ont donc intérêt à :

• Actualiser leurs procédures internes de suivi des absences et des prolongations
• Sécuriser la mise à jour de la date de fin prévisionnelle de l'arrêt dans leur logiciel de paie
• Veiller au traitement correct du maintien de salaire et de la subrogation, lorsqu'ils sont applicables,
• Sensibiliser les équipes RH et paie à la distinction entre une prolongation d'un arrêt existant et un nouvel arrêt de travail..

L'enjeu pour les entreprises réside donc moins dans une multiplication systématique des formalités déclaratives que dans la fiabilisation du suivi administratif et paie des prolongations.

Sources

• Loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025 de financement de la sécurité sociale pour 2026, article 81 — fondement législatif du plafonnement des prescriptions et prolongations d’arrêt de travail.Consulter l’article 81 de la LFSS 2026 sur Légifrance

• Code de la sécurité sociale, article L. 162-4-1 : plafonnement de la durée de la prescription initiale et possibilité de dérogation médicalement justifiée.
  Consulter l’article L. 162-4-1 sur Légifrance

• Code de la sécurité sociale, article L. 162-4-4 : règles relatives aux prolongations et possibilité de dérogation médicalement justifiée.
  Consulter l’article L. 162-4-4 sur Légifrance

• Code de la sécurité sociale, article R. 162-1-7-1 : fixation des plafonds à 31 jours pour une première prescription et 62 jours pour une prolongation, applicables depuis le 1er septembre 2026.
  Consulter l’article R. 162-1-7-1 sur Légifrance

• Décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 relatif au plafonnement de la durée des arrêts de travail donnant lieu au versement d’indemnités journalières.
  Consulter le décret n° 2026-498 sur Légifrance

• Code de la sécurité sociale, article D. 323-3-1 : durée de renouvellement à partir de laquelle le prescripteur peut solliciter l’avis du service du contrôle médical.
  Consulter l’article D. 323-3-1 sur Légifrance

• Décret n° 2026-499 du 12 juin 2026 relatif à la durée de renouvellement d’un arrêt de travail à compter de laquelle le prescripteur peut saisir l’avis du service du contrôle médical.
  Consulter le décret n° 2026-499 sur Légifrance

• Assurance Maladie — L’attestation de salaire à fournir en cas d’arrêt de travail : règles pratiques applicables aux prolongations, à l’attestation de salaire et à la mise à jour de la date de fin prévisionnelle en DSN.
  Consulter la fiche officielle de l’Assurance Maladie