Arrêt maladie : ce qui change au 15/10/2026

Applicable à partir du 15 octobre 2026, le décret n° 2026-866 réduit de 3 ans à 1 an la durée maximale de versement des indemnités journalières par l’Assurance maladie pour certaines affections nécessitant un arrêt de travail de longue durée.

Ce qui change au 15 octobre 2026 : 

La réforme concerne uniquement les arrêts liés à une ALD dite « non exonérante » (affection de longue durée n’ouvrant pas droit à la suppression ou à la limitation de la participation de l’assuré)

Pour une ALD non exonérante, le salarié pourra bénéficier d’une nouvelle période d’indemnisation d’un an pour la même maladie uniquement après avoir repris le travail pendant au moins un an.

Attention à la période transitoire :

• Arrêt prescrit à compter du 15 octobre 2026 → nouvelle limite d’1 an
• Arrêt déjà en cours au 15 octobre 2026 pour lequel l’incapacité de travail atteint six mois à compter de cette date : nouvelles règles
• Assuré qui, au 15 octobre 2026, s’est déjà vu reconnaître le bénéfice de la procédure prévue à l’article L. 324-1 du Code de la sécurité sociale au titre d’une ALD non exonérante → maintien de l’ancien régime jusqu’au terme de la période maximale de 3 ans

Sanctions :

Ce dispositif est complété par une pénalité financière, applicable depuis le 19 septembre 2026, donc avant même l'entrée en vigueur de la nouvelle durée d'indemnisation.

Un assuré peut désormais faire l’objet d’une pénalité lorsqu’il abuse de sa qualité d’assuré social pour obtenir une prescription d’arrêt de travail non justifié.

Le décret ajoute expressément ce comportement aux faits susceptibles de donner lieu à une pénalité financière. En cas d’indu, les sommes versées à tort peuvent par ailleurs être récupérées selon les règles générales applicables.

Point important pour l'employeur : la sanction vise l'assuré qui abuse du système. Ce n'est pas une nouvelle sanction financière qui serait directement appliquée à l'employeur.

Quel impact sur la paie ?

1. Une vigilance accrue sur les IJSS

La durée maximale d'indemnisation étant réduite pour certaines ALD, le gestionnaire de paie devra être attentif à la date de fin des droits aux IJSS.

Cela peut avoir un impact sur :

• la subrogation 
• le montant des IJSS récupérées auprès de la CPAM 
• le calcul du maintien de salaire employeur 
• les éventuelles régularisations en paie.

2. Le maintien de salaire employeur n'est pas automatiquement supprimé

La réforme ne modifie pas directement les règles de maintien de salaire. Toutefois, le maintien légal prévu à l’article L. 1226-1 du Code du travail est notamment subordonné à la prise en charge du salarié par la sécurité sociale. Il faut donc distinguer ce maintien légal des garanties conventionnelles, contractuelles, d’entreprise ou de prévoyance éventuellement plus favorables.

Donc, lorsque les IJSS cessent, il faut vérifier ce que prévoit :

• la convention collective
• le contrat de travail
• l'accord d'entreprise
• éventuellement le régime de prévoyance.

Autrement dit, la fin des IJSS ne signifie pas automatiquement la fin de toute indemnisation du salarié.

3. Un risque de décalage dans la paie

Pour les entreprises pratiquant la subrogation, la réforme peut entraîner davantage de contrôles sur les arrêts longs : si les IJSS cessent alors que l'employeur continue à maintenir une rémunération, il faudra correctement traiter la différence en paie.

Attention : l’employeur ne peut pas exiger la communication de la pathologie du salarié.Le volet 3 de l’arrêt de travail ne comporte pas les informations médicales figurant sur les volets destinés à l’Assurance maladie. Le suivi doit donc s’appuyer sur les décomptes et retours de la CPAM et, le cas échéant, sur les justificatifs que le salarié peut transmettre sans révéler la nature de son affection.

Sources

• Légifrance : Décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026
• Légifrance : Décret n° 2026-867 du 16 septembre 2026
• Légifrance : Art. R. 323-1 CSS
• Légifrance : Art. R. 147-6 du Code de la sécurité sociale
• Légifrance : Art. L. 1226-1 du Code du travail