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■ 법원의 판결에 따라 추가지급 하는 임금의 소득구분, 수입시기 및 원천징수 방법 (서면-2026-원천-4165, 2026.02.05)

(사실관계)

 ○○시는 **개 자치구의 권한을 위임받아 자치구 소속 환경공무관의 임금협약을 체결해오고 있음. 다수의 환경공무관이 통상임금 소송을 제기하였고,
- 2019년 자치구 소속 환경공무관의 임금 협약 시, 소송 결과에 따라 추가 지급해야 할 임금이 발생되면 2015.1.1.부터 현시점까지 소급하여 지급할 것을 약정하였음.
- 대법원 전원합의체 판결 및 대표소송 판결에서 “상여금(기말수당, 정근수당, 체력단련비, 명절휴가비)을 통상임금에 포함하여야 하는 것”으로 판단하였음.
- 이에, 사용자 지위에 있는 자치구는 2015년∼2024년 기간의 자치구 소속 환경공무관의 초과근무수당∙연가보상비 등에 대한 통상임금을 소급 재산정하여 과소 지급된 임금을 추가 지급할 예정임.

 상기 전원합의체 판결 및 대표소송 이전부터 동일 내용의 다수 소송에서 동일한 판결이 있었고, 이에 ○○시 자치구 중 일부는 ‘대법원 판례 취지(2017두****5 판결)’에 따라 판결 확정∙지급 시기의 소득으로 보고 근로소득세를 원천징수 하였음.

(질의내용) 

 판결로 인한 환경공무관 통상임금 관련 차액분 지급시 소득세 징수 방법

가) 차액(추가) 지급분을 각 연도별 세법으로 계산한다. 즉, 각 해당연도 근로소득원천징수영수증을 출력하여 차액분을 추가하여 연말정산 재계산하여 추가납부세액 징수한다.

나) 근로소득의 발생시기와 실현시기에 차이가 있을 때, 근로소득의 권리가 확정된 시점의 소득으로 본다. 즉, 실제 차액분 지급받는 연도의 소득으로 보고 소득세를 계산한다.

→ 가)와 나) 방법 중 어느 방식이 타당한지 여부

 만약 가) 발생연도 기준을 적용할 경우, 해당 소득은 과거에 과세되지 않았던 것이므로 “과소신고”로 볼 수 있는지 여부 및 이 경우 소득세 징수를 5년치로 한정해야 한다면 나머지 연도 소득에 대한 세금 징수 방법

(회신)

1. 통상임금에 대한 소송 결과, 법원의 판결에 따라 사용자가 통상임금 재산정하여 근로자에게 추가 지급하는 임금은 근로소득에 해당되며, 해당 소득의 수입시기는 근로를 제공한 날임.

2. 법원 판결이 당해 과세기간 경과 후에 있는 경우, 원천징수의무자(사용자)는 ‘판결이 있는 날이 속하는 달의 다음달 말일’까지 추가로 지급하는 근로소득에 대해 연말정산을 다시 하여 추가납부세액을 원천징수하여야 하고, 그 다음달 10일까지 원천징수세액을 신고납부하여야 함.

3. 국세기본법 제26조 제2호 및 동법 제26조의2 제6항 제5호에 따라, 판결이 확정된 날부터 1년이 되는 때까지 국세 납부 의무가 있으므로, 사용자는 추가지급하는 임금 전액(2015년∼2024년)에 대해 원천징수 및 신고납부하여야 함.

■ 의제배당 제외 주식발행초과금 감액 현금배당의 비거주자 원천징수 의무 여부 (서면-2025-국제세원-1970, 2026.02.04)

(사실관계)

 질의법인은 자본준비금과 이익준비금의 합계가 자본금의 1.5배를 초과함.
 주주총회 결의를 통해 자본준비금을 감액하여 이익잉여금으로 전환하고 이를 재원으로 주주인 비거주자∙외국법인에게 현금배당을 계획하고 있음.

(질의요지)

 내국법인이 상법§461의2에 따라 주식발행초과금을 감액하여 이익잉여금으로 전환 후 이를 재원으로 내국법인의 주주인 비거주자∙외국법인에게 현금배당을 하는 경우, 국내원천 배당소득에 해당되어 원천징수하여야 하는지 여부

(회신)

내국법인이 상법§461의2에 따라 의제배당으로 과세되지 않는 주식발행초과금을 감액하여 이익잉여금으로 전환 후 이를 재원으로 주주인 비거주자∙외국법인에게 현금배당을 하는 경우, 이는 소득세법 제119조 제2호 및 법인세법 제93조 제2호에 따른 국내원천 배당소득에 해당하지 않으므로 원천징수 대상이 아님.

■ 유예기간 배제사유로 중소기업 이탈 후 복귀한 법인이 유예기간 적용사유로 이탈 시 유예기간 적용 여부 (재정경제부 조세특례제도과-12, 2026.01.06)

(사실관계)

 A기업은 ´06년∼‘19년까지 조세특례제한법상 중소기업(이하 ‘중소기업’)에 해당
 (이탈) ´20.5월 공시대상기업집단의 소속 회사로 편입요건됨에 따라 ‘20사업연도에 중소기업 외 기업유형으로 법인세를 신고∙납부
 (복귀) ´22년 공시대상기업집단의 소속회사에서 제외됨에 따라, ´22∼´23사업연도에는 다시 중소기업으로 법인세를 신고∙납부
 (재이탈) ´24사업연도에는 과세연도 종료일 현재 매출액이 중기령 업종별 평균 매출액을 초과

(질의내용)

 유예기간 배제사유로 중소기업 이탈 후 복귀한 법인이 유예기간 적용사유로 이탈 시 유예기간 적용 여부

<1안> 유예기간 적용 가능
<2안> 유예기간 적용 불가

(회신)

귀 질의의 경우 1안이 타당함.