2025년 세제개편 후속 시행령 개정

재정경제부는 2025년 12월 국회를 통과한 개정세법에서 위임한 사항 등을 규정하기 위해 21개 후속 시행령 개정안을 마련하였습니다. 시행령 개정안은 입법예고, 차관회의 및 국무회의 등의 절차를 거쳐 2026년 2월 중 공포.시행될 예정입니다.

주요 내용은 다음과 같습니다. 자세한 내용은 아래 링크를 참조하시기 바랍니다.
25년 세제개편 후속 시행령 개정안(상세본)

[법인세 분야]
 R&D 세액공제 국가전략기술 및 신성장.원천기술 범위 확대
 R&D 비용 세액공제가 적용되는 비용의 범위 확대
    - ‘인공지능 학습용데이터 구매비’에 대해 R&D 비용 세액공제 적용
 국가전략기술.신성장 등 연구개발시설이 사업화를 위해 한시 활용되더라도 국가전략기술.신성장 등 연구개발시설 공제율 적용
    - 단, 투자완료일부터 다음 3개 과세연도 종료일까지 국가전략기술 등 연구 관련 사용시간이 50% 미달 시 공제세액 및 이자상당액 추징
 통합고용세액공제 최소고용증가인원 수 규정
    - 중견기업은 5명, 대기업은 10명을 초과하는 고용 증가분에 대해서만 세액공제 허용
 통합고용세액공제 청년 판단기준 완화
    - 근로계약 체결 당시 34세 이하인 자가 연령 증가에 따라 34세를 초과하더라도 근로계약 체결일로부터 4년간(대기업은 3년) 청년으로 간주
 채무보증에 따른 구상채권 대손금 손금인정 범위 확대
    - 내국법인이 국가자원안보특별법에 따른 핵심자원 관련 해외현지법인에 행한 채무보증에 대해 구상채권 대손금 손금 인정
 투자ㆍ상생협력 촉진세제 개편
    - 환류대상: 해당 사업연도 중 지급한 중간ㆍ분기ㆍ특별ㆍ결산배당(현금배당으로 한정하되, 자본준비금ㆍ이익준비금 감액배당은 제외)
    - 환류비율: 기업소득의 80%(투자포함형) 또는 30%(투자제외형)
    - 기업소득계산: 수입배당금 익금불산입액 및 법령상 의무 적립금 환입액 포함, 외국자회사 수입배당금은 ’27년 배당분부터 기업소득 계산 시 포함
 본사 지방이전 시 세액감면 제도 실효성 제고
    - 본사를 이전한 법인의 감면세액 추징 기준이 되는 수도권 사무소의 본사업무 인원 비율 축소(50%→40%)
 해외진출기업의 국내복귀 세제지원 확대
    - 국내사업장 신ㆍ증설 후 4년 이내에 국외사업장 축소를 완료하는 경우에도 유턴기업 부분복귀 감면대상으로 인정. 단, 국내사업장 신ㆍ증설 후 4년 이내에 국외사업장 축소를 완료하지 않은 경우에는 감면세액 전액 추징
 조특법상 각종 세액공제가 적용되는 상시근로자 판단 시 총급여액 기준을 8천만원 이하로 일원화
    - 성과공유 중소기업의 경영 성과급에 대한 세액공제(조특령 §17): 7 → 8천만원
    - 근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제(조특령 §26의4): 7 → 8천만원
    - 투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례(조특령 §100의32): 8천만원
 가상자산 평가방식 합리화
    - 단시간에 거래가 잦은 가상자산 특성 등을 고려하여 법인의 가상자산 평가방법을 선입선출법에서 총평균법으로 변경
 외국법인 연락사무소 현황자료 미제출 과태료 구체화
    - 외국법인이 국내 연락사무소 현황자료 미제출 또는 거짓제출에 대한 시정명령 위반 시 과태료 500만원 부과
 외국은행 국내지점에 대한 간주자본세제 개선
    - 외국은행 국내지점의 과소자본 지급이자가 없는 경우에는 간주자본 지급이자 손금불산입 미적용
 전자신고세액공제 기준금액 합리화
    - (법인세): (현행) 2만원 → (개정안) 1만원

[소득세 분야]
 고배당기업 배당소득 분리과세 특례 대상 및 절차 마련
    - 배당소득 범위: 현금배당액(중간ㆍ분기ㆍ특별ㆍ결산배당 모두 포함)
    - 적용대상: 펀드, 리츠 등 유동화전문회사는 제외하되, 당기순이익 ‘0’ 이하인 적자배당 기업은 제한적(전년대비 배당이 10% 이상 증가하고, 자본총액 대비 부채비율이 200% 이하인 기업)으로 허용
    - 배당성향: 연결재무재표 기준 배당성향(현금 배당총액 ÷ 지배기업 소유주지분 당기순이익)으로 산정
 야간근로수당등이 비과세되는 생산직근로자 월정액ㆍ총급여액등 소득기준 완화
    - (월정액 급여) 210만원 → 260만원 이하 & (총급여액) 3,000만원 → 3,700만원 이하
 사립학교 사무직원등의 육아휴직수당 비과세 한도 일반 근로자 수준으로 인상
    - (현행) 월 150만원 → (개정안) (휴직일~3개월)월 250만원, (4~6개월)월 200만원, (7개월~)월 160만원
 전자신고세액공제 기준금액 합리화
    - (소득세): (현행) 2만원 → (개정안) 1만원 
    *소득세 확정신고 의무가 없는 납세자: Min (추가납부세액, (현행) 1만원 → (개정안) 5천원)
 근로소득 원천징수 시 자녀세액공제분 합리화
    - 자녀세액공제금액 인상분을 근로소득 원천징수 시 반영하여 납세자 원천징수분 세부담 조정 (근로소득간이세액표)
 국외전출세 과세 대상 국외주식의 범위
    - 외국인근로자가 아닌 전출자가 보유한 국외주식의 총액이 5억원을 초과하는 경우

[상속세 및 증여세 분야]
 자산총액 중 부동산ᆞ주식 보유비율 80% 이상인 비상장법인의 주식평가방법 보완
- Max (주당 순손익가치/순자산가치 가중평균, 주당 순자산가치의 100%)
 특수관계인간 고저가 양수도의 증여세 과세 제외대상에 다자간매매체결회사를 통한 주식거래 추가(당일 종가거래를 제외한 대량, 바스켓매내는 과세대상에 포함)
 재산취득 후 증여세가 부과되는 재산가치 증가사유에 비상장주식의 코넥스시장 상장 추가 등

[부가가치세 분야]
 현금매출명세서 제출 의무 업종의 범위에 미디어 콘텐츠 창작업 추가
 운송주선업자가 다른 운송주선업자로부터 화물을 인수하여 국제운송하는 용역의 영세율 적용 명확화
 전자신고세액공제 기준금액 합리화
(부가가치세): (현행) 1만원 → (개정안) 5천원