Professions de santé, TVA et obligations en matière de facturation électronique

Parce qu’il exerce une activité économique indépendante à titre onéreux, le professionnel de santé est un assujetti à la TVA. Cependant, il n’en est pas pour autant automatiquement redevable. Ses actes thérapeutiques sont exonérés, ses activités non thérapeutiques sont taxées selon le droit commun de la TVA.
Sa qualité d’assujetti (même exonéré pour la totalité de ses actes) entraîne l’obligation, pour le professionnel de santé, d’utiliser une plateforme agréée pour recevoir les factures électroniques dès le 1er septembre 2026. L’obligation d’émettre des factures électroniques ne le concerne que s’il réalise des opérations taxées et sera effective qu’à compter du 1er septembre 2027.

Créée au milieu du 20ème siècle, la TVA fonctionne de la façon suivante :
• Les opérations d’un assujetti entrent dans le champ d’application de la TVA,
• Le redevable (en général le vendeur) collecte la TVA pour l’État ; pour certaines opérations il peut être exonéré (c’est le cas des actes thérapeutiques),
• Le redevable, ayant collecté de la TVA pour son activité, ne reverse à l’État que la différence entre la TVA qu’il a collectée et celle ayant grevé les achats liés à cette activité. Sans collecte de la TVA, il n’y a pas de droit à déduction.

Des opérations soumises à la TVA
Sont soumises à la TVA toutes les livraisons de biens, les prestations de services, les opérations assimilées réalisées à titre onéreux par un assujetti dans le cadre de ses activités économiques.
Qu’est-ce qu’une opération onéreuse ?
L’opération onéreuse est définie comme le lien entre un fournisseur et un destinataire qui remplit les conditions cumulatives suivantes :
• Le fournisseur procure un avantage individualisable au destinataire,
• Le fournisseur en retour obtient une contrevaleur appréciable en argent, soit du destinataire soit d’un tiers,
• Il existe un lien direct entre l’avantage procuré et la contrevaleur prévue.

Qu’est-ce qu’une activité économique ?
L’activité économique désigne tous les actes accomplis par une entité déterminée, indépendamment de leur lieu, finalité ou résultat, ayant pour objet de générer des recettes permanentes en lien direct avec ces actes.
Constituent notamment une activité économique : les activités de production, de commerce, de prestation de services, les activités extractives, agricoles et libérales, ainsi que toute exploitation d’un bien corporel ou incorporel à fins lucratives et durables.

Qu’est-ce qu’un assujetti ?
L’assujetti s’entend de l’entité qui exerce une ou plusieurs activités économiques de manière indépendante, dans la mesure où cette entité agit dans le cadre de cette activité ou de ces activités.

Qu’est-ce qu’un (non)redevable ?
Le redevable est celui qui reverse à l’État la TVA qu’il a préalablement collectée avec son chiffre d’affaires.
Le professionnel de santé est bien un assujetti mais :
• S’il ne réalise que des opérations exonérées il est alors un non redevable et en conséquence ne peut pas déduire la TVA ayant grevé ses achats,
• S’il réalise à la fois des opérations exonérées et des opérations taxées, il est alors un redevable partiel.
Ainsi, il est possible d’être un assujetti mais non redevable parce que la totalité des opérations est exonérée.

Des opérations exonérées spécifiquement en raison de leur finalité thérapeutique
Le législateur limite strictement le bénéfice de l’exonération :
• Aux actes ayant une finalité thérapeutique (ou y étant intrinsèquement liés, comme le transport sanitaire),
• À un nombre limité d’acteurs de la santé publique.
Les exonérations propres aux professions de santé étaient codifiées au 4 de l’article 261 du CGI ; les exonérations concernant la santé sont codifiées aux articles L. 213-95 à L. 213-101 du CIBS à compter du 1er septembre 2026.

Pour en savoir plus sur :

• La position du législateur sur ces dispositifs
• Les conséquences en matière de passage à la facturation électronique

Téléchargez le pdf complet