Thuế TNCN: Miễn thuế tiền lương làm đêm trả thêm 35%, tự quyết toán khi giảm trừ chi phí y tế – giáo dục, khấu trừ 10% với người lao động đã nghỉ việc

Ngày 09/9/2026, Thuế tỉnh Ninh Bình ban hành Công văn số 11805/NBI-QLDN1 trả lời Công ty TNHH MCNEX VINA về ba vấn đề thuế TNCN theo Nghị định số 253/2026/NĐ-CP ngày 30/6/2026: tiền lương làm việc ban đêm, khoản giảm trừ chi phí y tế, giáo dục – đào tạo, và khấu trừ thuế đối với người lao động đã nghỉ việc. Các hướng dẫn này đáng tham khảo đối với doanh nghiệp đang trả thêm tiền lương làm việc ban đêm ở mức cao hơn 30%, có người lao động yêu cầu giảm trừ chi phí y tế, giáo dục – đào tạo trước khi tính thuế, hoặc phát sinh khoản chi lương cho người lao động đã nghỉ việc.

1. Tiền lương làm việc ban đêm: trả thêm 35% vẫn được miễn thuế

Căn cứ:

• Khoản 1 Điều 26 Nghị định 253/2026/NĐ-CP: miễn thuế TNCN đối với tiền lương, tiền công làm việc ban đêm, làm thêm giờ tại nơi làm việc phù hợp với điều kiện và thời gian theo pháp luật lao động.
• Khoản 3 Điều 26 NĐ 253/2026/NĐ-CP: phần tiền lương làm đêm, làm thêm giờ, tiền lương ngày không nghỉ phép vượt mức quy định của pháp luật thì tính vào thu nhập chịu thuế.
• Khoản 2 Điều 98 Bộ luật Lao động 2019: người lao động làm việc ban đêm được trả thêm ít nhất 30% tiền lương của ngày làm việc bình thường. Khoản 3 Điều 98: làm thêm giờ vào ban đêm còn được trả thêm 20%.

Hướng dẫn của cơ quan thuế: Công ty trả thêm tiền lương làm việc ban đêm bằng 35% tiền lương của ngày làm việc bình thường là phù hợp với khoản 2 Điều 98 Bộ luật Lao động 2019. Do đó, khoản tiền lương trả thêm này thuộc diện miễn thuế TNCN theo khoản 1 Điều 26 NĐ 253/2026/NĐ-CP.

Lưu ý: Theo Điều 106 Bộ luật Lao động 2019, giờ làm việc ban đêm được tính từ 22 giờ đến 06 giờ sáng ngày hôm sau.

2. Giảm trừ chi phí y tế, giáo dục – đào tạo: người lao động phải tự quyết toán

Căn cứ:

• Khoản 1 Điều 50 NĐ 253/2026/NĐ-CP: tổ chức trả thu nhập khấu trừ thuế căn cứ thu nhập tính thuế tháng và biểu thuế lũy tiến từng phần tại Điều 9 Luật Thuế TNCN.
• Khoản 3 Điều 51 NĐ 253/2026/NĐ-CP: cá nhân có đề nghị giảm thuế theo Điều 40, hoặc có khoản giảm trừ theo Điều 49 và yêu cầu giảm trừ vào thu nhập trước khi tính thuế, thì phải tự quyết toán thuế.

Hướng dẫn của cơ quan thuế:

• Người lao động có khoản chi y tế, giáo dục – đào tạo đủ điều kiện theo Điều 49 NĐ 253/2026/NĐ-CP và yêu cầu giảm trừ: Công ty căn cứ hồ sơ, hóa đơn, chứng từ do người lao động cung cấp để xác định khoản giảm trừ.
• Người lao động này phải trực tiếp quyết toán thuế TNCN theo khoản 3 Điều 51 và không thuộc diện ủy quyền cho Công ty quyết toán thay.
• Khi quyết toán thuế TNCN năm 2026 với tư cách tổ chức trả thu nhập, Công ty kê khai theo mẫu biểu tại điểm 7.1 Phụ lục I ban hành kèm Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30/6/2026 của Bộ Tài chính.
• Việc thể hiện khoản giảm trừ trên chứng từ khấu trừ thuế TNCN thực hiện theo Điều 23 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP ngày 30/6/2026 của Chính phủ về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử.

3. Người lao động đã nghỉ việc: khấu trừ 10% với khoản chi từ 05 triệu đồng

Căn cứ: Khoản 2 Điều 50 NĐ 253/2026/NĐ-CP: khoản chi cho cá nhân cư trú không ký hợp đồng hoặc ký hợp đồng lao động dưới 03 tháng, bao gồm cả người lao động đã chấm dứt hợp đồng lao động, từ 05 triệu đồng/lần trở lên thì khấu trừ 10% trước khi chi trả. Dưới 05 triệu đồng/lần, tổ chức trả thu nhập được khấu trừ 10% khi cá nhân có yêu cầu.

Hướng dẫn của cơ quan thuế:

• Khoản chi lương cho người lao động đã nghỉ việc từ 05 triệu đồng trở lên: khấu trừ 10%.
• Khi quyết toán, kê khai theo mẫu tờ khai tại Phụ lục I Thông tư 89/2026/TT-BTC: cá nhân tính thuế theo biểu lũy tiến từng phần kê vào bảng kê 05-1/BK-QTT-TNCN; cá nhân tính thuế theo thuế suất toàn phần kê vào bảng kê 05-2/BK-QTT-TNCN.

💡 Khuyến nghị cho doanh nghiệp

1. Rà soát cách tính thuế đối với khoản tiền lương trả thêm khi làm việc ban đêm ở mức cao hơn 30%, đối chiếu với hướng dẫn tại công văn này khi quyết toán thuế TNCN năm 2026.
2. Thông báo sớm cho người lao động: ai muốn giảm trừ chi phí y tế, giáo dục – đào tạo thì phải tự quyết toán, không ủy quyền cho công ty được.
3. Lập danh sách người lao động thuộc diện tự quyết toán và quy trình thu nhận hóa đơn, chứng từ y tế, giáo dục – đào tạo.
4. Kiểm tra các khoản chi sau ngày nghỉ việc (lương tháng cuối, phép năm chưa nghỉ) để khấu trừ 10% đúng ngưỡng và kê đúng bảng kê 05-2/BK-QTT-TNCN.

Bản tin này được Crowe Vietnam tổng hợp nhằm cung cấp thông tin chung và không thay thế ý kiến tư vấn cho từng trường hợp cụ thể. Doanh nghiệp nên đối chiếu văn bản pháp luật gốc và tham vấn chuyên gia trước khi áp dụng vào tình huống thực tế.