Quy trình kiểm tra thuế mới theo Quyết định 1161/QĐ-CT: Áp dụng từ 14/8/2026, thay thế Quyết định 970/QĐ-TCT

Ngày 14/8/2026, Cục Thuế (Bộ Tài chính) ban hành Quyết định số 1161/QĐ-CT về Quy trình kiểm tra thuế, có hiệu lực thi hành ngay từ ngày ký và thay thế Quy trình kiểm tra thuế theo Quyết định số 970/QĐ-TCT ngày 14/7/2023 (khoản 1 Điều 2 Quyết định 1161/QĐ-CT). Đây là quy trình kiểm tra thuế đầu tiên được xây dựng trên nền Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Bản tin này tập trung vào quy trình áp dụng cho người nộp thuế là tổ chức (Phần I Quy trình).

1. Hiệu lực và điều khoản chuyển tiếp

Khoản 2 Điều 2 Quyết định 1161/QĐ-CT chia các cuộc kiểm tra thành 3 nhóm theo thời điểm ban hành Quyết định kiểm tra:

• Quyết định kiểm tra ban hành trước 01/7/2026, chưa có kết luận kiểm tra hoặc quyết định xử lý: tiếp tục thực hiện theo Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 và Quy trình theo Quyết định 970/QĐ-TCT (điểm a khoản 2 Điều 2).
• Quyết định kiểm tra ban hành từ 01/7/2026 đến trước 14/8/2026, chưa có kết luận hoặc quyết định xử lý: thực hiện theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15; kể từ 14/8/2026, các bước công việc tiếp theo chưa thực hiện sẽ áp dụng Quy trình mới (điểm b khoản 2 Điều 2).
• Quyết định kiểm tra ban hành từ 14/8/2026: thực hiện hoàn toàn theo Quy trình mới (điểm c khoản 2 Điều 2).

2. Phạm vi kiểm tra đối với tổ chức

Quy trình điều chỉnh 2 hình thức kiểm tra:

• Kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế: áp dụng với người nộp thuế có hồ sơ thuế được phân loại rủi ro cao (khoản 1 Điều 2 Quy trình).
• Kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế: áp dụng trong 8 nhóm trường hợp (khoản 2 Điều 2 Quy trình):
  • Kiểm tra hoàn thuế: hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế; kiểm tra sau hoàn thuế trong thời hạn 5 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế;
  • Có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế;
  • Kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề;
  • Theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền;
  • Người nộp thuế rủi ro cao khi chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh;
  • Theo yêu cầu giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế;
  • Hồ sơ miễn thuế, giảm thuế của người nộp thuế rủi ro cao;
  • Chuyển từ kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế sang theo điểm b khoản 2 Điều 22 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.

3. Kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế (Điều 6, 7, 8 Quy trình)

Nguyên tắc (Điều 6 Quy trình): kiểm tra hồ sơ thuế dựa trên quản lý rủi ro, quản lý tuân thủ, ưu tiên ứng dụng công nghệ thông tin và kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử (dẫn chiếu khoản 1 Điều 22 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15).

3 nguồn hình thành danh sách kiểm tra (Điều 7 Quy trình):

• Danh sách hồ sơ thuế rủi ro cao từ Phân hệ quản lý tuân thủ và rủi ro thuế;
• Danh sách người nộp thuế rủi ro cao trong quản lý và sử dụng hóa đơn;
• Danh sách lập qua thực tế quản lý thuế: công chức thuế căn cứ các dấu hiệu như hóa đơn, biến động bất thường về doanh thu, chi phí, dòng tiền hoặc thông tin được chia sẻ hợp pháp từ bên thứ ba (ngân hàng, cơ quan thanh tra, kiểm toán…) để lập Phiếu đề xuất kiểm tra (khoản 3 Điều 7 Quy trình).

Trình tự xử lý 3 bước (khoản 2 Điều 8 Quy trình):

• Bước 1 - Rà soát hồ sơ: đối chiếu các chỉ tiêu trong tờ khai; giữa tờ khai với tài liệu kèm theo; với tờ khai kỳ trước; rà soát hóa đơn điện tử mua vào - bán ra; đối chiếu quy định pháp luật về thuế. Hồ sơ không có dấu hiệu vi phạm được duyệt lưu; hồ sơ có dấu hiệu khai sai chuyển Bước 2.
• Bước 2 - Thông báo lần 1 (Mẫu số 01/KTT kèm Thông tư 89/2026/TT-BTC): yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; thời hạn giải trình không quá 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành thông báo.
• Bước 3 - Thông báo lần 2 (Mẫu số 02/KTT): ban hành trong vòng 5 ngày làm việc nếu giải trình lần 1 chưa đủ căn cứ hoặc người nộp thuế không giải trình; thời hạn giải trình cũng không quá 10 ngày làm việc. Cơ quan thuế chỉ được thông báo yêu cầu giải trình tối đa 2 lần.

Xử lý sau Thông báo lần 2 (điểm c.2 khoản 2 Điều 8 Quy trình) - nếu người nộp thuế đang hoạt động tại địa chỉ đăng ký mà không giải trình, không khai bổ sung, hoặc giải trình nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng, cơ quan thuế xử lý theo một trong hai hướng:

• Ấn định thuế, nếu đã có đầy đủ căn cứ ấn định; hoặc
• Chuyển kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, kèm Phiếu chuyển giao thông tin, hồ sơ; bộ phận tiếp nhận phải kế thừa các dữ liệu, thông tin đã đối chiếu ở bước kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế.

Điểm đáng chú ý - Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế (khoản 3 Điều 8 Quy trình):

• Áp dụng khi qua rà soát và giải trình lần 1, lần 2, cơ quan thuế đã có đủ cơ sở xác định hành vi vi phạm, nội dung vi phạm và số tiền dự kiến truy thu;
• Quyết định kiểm tra theo Mẫu số 04/KTT kèm Thông tư 89/2026/TT-BTC; thời hạn kiểm tra không quá 10 ngày làm việc;
• Kết thúc kiểm tra, đoàn kiểm tra và người nộp thuế ký Biên bản kiểm tra (Mẫu số 05/KTT);
• Trình tự thực hiện tương tự một cuộc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế (công bố quyết định, kiểm tra, lập biên bản, báo cáo, xử lý vi phạm, lưu hồ sơ).

Quyền của người nộp thuế trong giai đoạn giải trình:

• Được giải trình trực tiếp tại trụ sở cơ quan thuế, làm việc trực tuyến, giao dịch điện tử hoặc gửi văn bản qua bưu điện (khoản 5 Điều 8 Quy trình);
• Được đề nghị hoãn thời gian giải trình vì lý do bất khả kháng (khoản 4 Điều 8 Quy trình).

4. Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế

Lập kế hoạch kiểm tra theo rủi ro (Điều 9, Điều 10 Quy trình; Điều 17 Thông tư 94/2026/TT-BTC):

• Không dưới 90% trường hợp được lựa chọn qua phân tích tuân thủ và phân loại rủi ro: xếp hạng rủi ro từ cao xuống, kết hợp xem xét người nộp thuế đã quá 5 năm chưa được kiểm tra thuế;
• Không quá 10% lựa chọn ngẫu nhiên;
• Kế hoạch, chuyên đề kiểm tra (kể cả sau điều chỉnh) phải được công khai trên trang thông tin điện tử của cơ quan thuế hoặc thông báo cho người nộp thuế chậm nhất 30 ngày kể từ ngày ban hành quyết định phê duyệt hoặc điều chỉnh (Điều 14 Quy trình).

7 trường hợp kiểm tra đột xuất không phải lập kế hoạch (Điều 12 Quy trình):

1. Theo yêu cầu của việc giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế;
2. Theo chỉ đạo của Thủ trưởng cơ quan thuế, Thủ trưởng cơ quan thuế cấp trên hoặc theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền;
3. Người nộp thuế rủi ro cao thuộc các trường hợp: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh;
4. Người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế;
5. Hồ sơ miễn thuế, giảm thuế của người nộp thuế rủi ro cao;
6. Kiểm tra trước hoàn thuế;
7. Kiểm tra theo đề xuất sau khi kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế.

Quyết định kiểm tra và công bố (Điều 16, khoản 1 Điều 17 Quy trình):

• Mọi trường hợp kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đều phải ban hành Quyết định kiểm tra thuế (Mẫu số 06/KTT kèm Thông tư 89/2026/TT-BTC), nêu rõ nội dung kiểm tra và thời kỳ kiểm tra theo từng trường hợp;
• Quyết định kiểm tra phải gửi cho người nộp thuế chậm nhất 3 ngày làm việc kể từ ngày ban hành;
• Cuộc kiểm tra phải được tiến hành chậm nhất 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành Quyết định, trừ trường hợp bãi bỏ hoặc hoãn;
• Người nộp thuế có quyền đề nghị hoãn kiểm tra bằng văn bản nêu rõ lý do chính đáng và thời gian hoãn (điểm b khoản 4 Điều 16 Quy trình);
• Người nộp thuế đang hoạt động bình thường mà không nhận Quyết định hoặc cố tình trốn tránh không chấp hành: đoàn kiểm tra lập biên bản vi phạm hành chính và xử phạt theo Điều 15 Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung bởi khoản 1 Điều 2 Nghị định 310/2025/NĐ-CP); nếu tiếp tục không chấp hành, cơ quan thuế xem xét cưỡng chế thuế và ấn định thuế theo Điều 36, Điều 37 Nghị định 252/2026/NĐ-CP (khoản 5 Điều 16 Quy trình).

Thời hạn kiểm tra (điểm b khoản 2 Điều 17 Quy trình):

• Trường hợp thông thường: không quá 20 ngày kể từ ngày công bố Quyết định; gia hạn 1 lần, không quá 20 ngày;
• Doanh nghiệp có giao dịch liên kết: không quá 40 ngày; gia hạn 1 lần, không quá 40 ngày;
• Trường hợp cần thu thập, trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài: có thể kéo dài nhưng không quá 2 năm;
• Thời gian tạm dừng kiểm tra không tính vào thời hạn kiểm tra.

Nghĩa vụ cung cấp hồ sơ - mốc 6 giờ làm việc (điểm d khoản 2 Điều 17 Quy trình):

• Cung cấp hồ sơ, tài liệu, hóa đơn, chứng từ, sổ kế toán quá 6 giờ làm việc kể từ khi nhận được yêu cầu của đoàn kiểm tra, hoặc cung cấp không đầy đủ, chính xác: đoàn kiểm tra lập biên bản vi phạm hành chính và xử phạt theo Điều 15 Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi khoản 1 Điều 2 Nghị định 310/2025/NĐ-CP);
• Đơn vị sử dụng phần mềm kế toán: đoàn kiểm tra yêu cầu cung cấp sổ kế toán dưới dạng dữ liệu điện tử đọc được bằng phần mềm văn phòng thông dụng, không yêu cầu in ra giấy.

Biên bản kiểm tra (khoản 3 Điều 17 Quy trình):

• Biên bản kiểm tra lập theo Mẫu số 14/KTT kèm Thông tư 89/2026/TT-BTC; dự thảo biên bản được công bố công khai và bàn giao cho người nộp thuế để có ý kiến, giải trình;
• Việc giải trình, hoàn thiện và ký biên bản thực hiện trong 5 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế;
• Biên bản lập tối thiểu 4 bản, có giá trị pháp lý như nhau; là căn cứ ban hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, Kết luận kiểm tra và các quyết định hành chính về quản lý thuế;
• Nội dung vướng mắc về cơ chế, chính sách chờ xin ý kiến được ghi thành mục riêng, tách khỏi kết quả kiểm tra; khi có kết quả trả lời thì lập phụ lục biên bản (Mẫu số 16/KTT).

Xử lý kết quả kiểm tra (khoản 4 Điều 17 Quy trình):

• Trong 3 ngày làm việc kể từ ngày ký biên bản: Trưởng đoàn báo cáo kết quả kiểm tra kèm dự thảo Quyết định xử phạt vi phạm hành chính (Mẫu MQĐ02 kèm Nghị định 68/2025/NĐ-CP) hoặc Kết luận kiểm tra (Mẫu số 17/KTT);
• Thời hạn ban hành Quyết định xử phạt: 7 ngày làm việc nếu người nộp thuế không yêu cầu giải trình; 1 tháng nếu có yêu cầu giải trình hoặc phải xác minh tình tiết; 2 tháng với vụ việc có tình tiết đặc biệt nghiêm trọng hoặc nhiều tình tiết phức tạp (điểm c khoản 4 Điều 17 Quy trình);
• Không phải truy thu, không phải xử phạt: Thủ trưởng cơ quan thuế ký Kết luận kiểm tra trong 7 ngày làm việc kể từ ngày ký biên bản;
• Phát hiện hành vi trốn thuế có dấu hiệu tội phạm: trong 5 ngày làm việc kể từ ngày phát hiện, hồ sơ được trình Thủ trưởng cơ quan thuế xem xét chuyển cơ quan điều tra (điểm h khoản 4 Điều 17 Quy trình).

Kiểm tra lại (Điều 18 Quy trình; khoản 6 Điều 22 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15):

• Cục Thuế kiểm tra lại vụ việc của Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục Thuế thương mại điện tử, Thuế tỉnh, thành phố; Thuế tỉnh, thành phố kiểm tra lại vụ việc của Thuế cơ sở;
• Thời hiệu kiểm tra lại: 2 năm kể từ ngày ký kết luận kiểm tra, quyết định xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế;
• Trình tự, thủ tục kiểm tra lại thực hiện đầy đủ các bước như một cuộc kiểm tra thông thường theo Điều 17 Quy trình.

5. Kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử (Điều 32 Quy trình)

• Quy trình dành riêng Phần IV quy định phương thức giao dịch điện tử giữa đoàn kiểm tra và người nộp thuế;
• Các thông báo, biên bản (kể cả biên bản công bố Quyết định kiểm tra, biên bản kiểm tra), quyết định và hồ sơ, sổ sách kế toán của người nộp thuế đều có thể được gửi, nhận dưới dạng chứng từ điện tử qua cổng giao tiếp điện tử của Cục Thuế;
• Tài liệu điện tử có giá trị pháp lý tương đương tài liệu giấy (khoản 1, khoản 3 Điều 32 Quy trình).

6. Lưu ý đối với Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh và cá nhân có thu nhập chịu thuế TNCN

Quy trình kiểm tra thuế đối với người nộp thuế là Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh (Phần II, Điều 19 đến Điều 28) và đối với cá nhân có thu nhập chịu thuế thu nhập cá nhân (Phần III, Điều 29 đến Điều 31) được quy định thành các phần riêng với trình tự, mẫu biểu riêng trong cùng Quyết định 1161/QĐ-CT.

Quý độc giả có thể tra cứu trực tiếp tại các phần tương ứng của Quyết định 1161/QĐ-CT.

💡 Khuyến nghị cho doanh nghiệp

1. Rà soát các cuộc kiểm tra đang dở dang để xác định nhóm chuyển tiếp áp dụng (trước 01/7/2026; từ 01/7/2026 đến trước 14/8/2026; hay từ 14/8/2026) theo khoản 2 Điều 2 Quyết định 1161/QĐ-CT.
2. Chuẩn hóa sổ kế toán, chứng từ dưới dạng dữ liệu điện tử có thể trích xuất nhanh - vì thời hạn cung cấp hồ sơ khi đoàn kiểm tra yêu cầu chỉ là 6 giờ làm việc.
3. Thiết lập quy chế nội bộ phản hồi Thông báo giải trình của cơ quan thuế trong 10 ngày làm việc, kèm hồ sơ chứng minh số liệu kê khai.
4. Theo dõi kế hoạch kiểm tra hằng năm được công khai trên trang thông tin điện tử của cơ quan thuế để chủ động chuẩn bị.
5. Tự đánh giá rủi ro định kỳ (hóa đơn, biến động doanh thu - chi phí - dòng tiền), vì đây là các dấu hiệu cơ quan thuế sử dụng để lập danh sách kiểm tra.

>>> Tải Quyết định 1161/QĐ-CT

Bản tin này được Crowe Vietnam tổng hợp nhằm cung cấp thông tin chung và không thay thế ý kiến tư vấn cho từng trường hợp cụ thể. Doanh nghiệp nên đối chiếu văn bản pháp luật gốc và tham vấn chuyên gia trước khi áp dụng vào tình huống thực tế.