Thông tư 95/2026/TT-BTC: Khung hướng dẫn mới về Hiệp định tránh đánh thuế hai lần, MAP và APA - hiệu lực từ 01/7/2026

Ngày 01/7/2026, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 95/2026/TT-BTC (05 Chương, 84 Điều), có hiệu lực ngay từ ngày ký, thay thế đồng thời Thông tư 205/2013/TT-BTC về Hiệp định tránh đánh thuế hai lần và Thông tư 45/2021/TT-BTC về cơ chế APA. Đây là văn bản hợp nhất toàn bộ hướng dẫn về Hiệp định thuế, thủ tục thỏa thuận song phương (Mutual Agreement Procedure – MAP), thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (Advance Pricing Agreement – APA), trao đổi thông tin và hỗ trợ thu thuế, trên cơ sở khoản 3 Điều 30, khoản 2 Điều 31 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Điều 47, điểm a khoản 2 Điều 58 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

Doanh nghiệp có yếu tố nước ngoài, đặc biệt doanh nghiệp có giao dịch liên kết, nhà thầu nước ngoài và cá nhân cư trú tại hai nước, cần rà soát ngay các thay đổi dưới đây. Ngày 10/7/2026, Cục Thuế đã có Công văn 4736/CT-CS giới thiệu các điểm mới của Thông tư.

1. Hiệp định thuế: siết nguyên tắc hưởng lợi, mở rộng khái niệm cơ sở thường trú

Nộp hồ sơ MAP, APA bằng phương thức điện tử. Theo Điều 7 Thông tư 95/2026/TT-BTC, hồ sơ đề nghị MAP, APA, giải trình, bổ sung tài liệu và thông báo kết quả xử lý được thực hiện điện tử; chỉ khi hồ sơ có dung lượng lớn, định dạng kỹ thuật chuyên biệt hoặc hệ thống chưa đáp ứng, người nộp thuế mới nộp bản giấy.

Đối tượng áp dụng và cá nhân cư trú "kép". Điều 8 Thông tư 95/2026/TT-BTC bổ sung đối tượng áp dụng là đối tượng cư trú của Việt Nam, của Bên ký kết, hoặc đồng thời của cả hai; việc xác định cá nhân là đối tượng cư trú của Việt Nam thực hiện theo Điều 4 Nghị định 253/2026/NĐ-CP (hướng dẫn Luật Thuế thu nhập cá nhân). Thông tư cũng bổ sung hướng dẫn xử lý trường hợp cá nhân đồng thời là đối tượng cư trú của hai nước trong một năm tính thuế nhưng năm tính thuế của hai nước khác nhau.

Từ chối áp dụng Hiệp định theo nguyên tắc hưởng lợi. Khoản 1 Điều 10 Thông tư 95/2026/TT-BTC xác định thời điểm đề nghị áp dụng Hiệp định là ngày nộp đủ hồ sơ theo quy định tại Thông tư 89/2026/TT-BTC. Khoản 3 Điều 10 bổ sung mục tiêu của Hiệp định là không tạo cơ hội cho việc "không đánh thuế tại cả hai Bên ký kết", đồng thời liệt kê các trường hợp (từ điểm a đến điểm g khoản 3 Điều 10) mà người đề nghị không được coi là chủ sở hữu thực hưởng.

Nền tảng thương mại điện tử là cơ sở thường trú. Điểm đáng chú ý nhất với doanh nghiệp nước ngoài kinh doanh số: theo điểm a khoản 2 Điều 14 Thông tư 95/2026/TT-BTC, nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số mà qua đó doanh nghiệp nước ngoài cung cấp toàn bộ hoặc một phần hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam được coi là cơ sở thường trú tại Việt Nam khi thỏa mãn ba điều kiện về cơ sở thường trú - phù hợp với Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2025.

Bất động sản, tiền bản quyền, thu nhập khác. Điều 11 mở rộng định nghĩa bất động sản theo Luật Đất đai, Luật Kinh doanh bất động sản, bao gồm cả giá trị quyền sử dụng đất, quyền thuê trong hợp đồng thuê đất và bất động sản hình thành trong tương lai. Điều 24 chỉnh thuật ngữ "Bằng phát minh, sáng chế" thành "Sáng chế", "Nhãn hiệu thương mại" thành "Nhãn hiệu" theo Luật Sở hữu trí tuệ hiện hành, không thay đổi nội hàm "tiền bản quyền". Điều 49 làm rõ thu nhập khác bao gồm cả thu nhập từ thừa kế và quà tặng.

Trần thuế suất với thu nhập thụ động. Các Điều 19, 22, 25 và 28 Thông tư 95/2026/TT-BTC thống nhất nguyên tắc: khi đối tượng thực hưởng tiền lãi cổ phần, lãi tiền cho vay, tiền bản quyền, phí dịch vụ kỹ thuật là đối tượng cư trú của Bên ký kết, mức thuế suất áp dụng tại Việt Nam không vượt quá mức giới hạn của Hiệp định thuế.

Chuyển nhượng vốn trực tiếp và gián tiếp. Khoản 4 Điều 30 Thông tư 95/2026/TT-BTC bổ sung ba nội dung quan trọng: (i) xác định nghĩa vụ thuế với thu nhập từ chuyển nhượng vốn cả trực tiếp lẫn gián tiếp; (ii) tỷ lệ giá trị bất động sản trên tổng tài sản tính theo bình quân đơn giản tại ba thời điểm - thời điểm chuyển nhượng, thời điểm đầu và cuối năm tính thuế liền trước năm chuyển nhượng; (iii) căn cứ xác định là Báo cáo tình hình tài chính đã kiểm toán (đầu và cuối năm liền trước) và Báo cáo tình hình tài chính do doanh nghiệp lập tại thời điểm chuyển nhượng.

Đổi tên biện pháp "khấu trừ số thuế khoán". Điều 52 Thông tư 95/2026/TT-BTC đổi tên thành "Biện pháp khấu trừ số được hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế tại Bên ký kết", tránh nhầm lẫn với khái niệm "thuế khoán" của hộ, cá nhân kinh doanh trong pháp luật quản lý thuế nội địa.

Giải quyết tranh chấp, trao đổi thông tin, hỗ trợ thu thuế. Khoản 1 Điều 54 cho phép đối tượng cư trú của Bên ký kết đề nghị Nhà chức trách có thẩm quyền nơi mình cư trú xúc tiến MAP khi cho rằng cơ quan thuế Việt Nam xác định nghĩa vụ thuế không phù hợp Hiệp định, không loại trừ quyền khiếu nại hoặc khởi kiện hành chính theo pháp luật Việt Nam; các trường hợp không giải quyết khiếu nại (tòa án đang/đã giải quyết, quá thời hạn) quy định tại khoản 3 Điều 54. Điều 55 (bổ sung mới) quy định nguyên tắc, cơ chế trao đổi thông tin thuế kể cả trao đổi tự động theo chuẩn Diễn đàn toàn cầu về minh bạch thuế. Điều 56 (bổ sung mới) quy định hỗ trợ thu thuế giữa cơ quan thuế Việt Nam và Bên ký kết, chủ yếu qua thông báo, đôn đốc người nộp thuế, và loại trừ các trường hợp nợ thuế đang tranh chấp hoặc việc hỗ trợ trái pháp luật Việt Nam.

2. MAP: quy phạm hóa từ Quy chế nội bộ thành Thông tư

Chương III quy phạm hóa Quy chế MAP theo Quyết định 2049/QĐ-TCT ngày 31/12/2021 của Tổng cục Thuế, cập nhật theo hướng dẫn MEMAP của OECD:

• Từ chối MAP (Điều 58 Thông tư 95/2026/TT-BTC): hồ sơ không thuộc thẩm quyền; nộp quá hạn; chưa hoàn thành nghĩa vụ; đang kiểm tra thuế mà chưa có Biên bản kiểm tra chính thức; có dấu hiệu lợi dụng MAP để tránh thuế; hoặc nghĩa vụ thuế đã được xác định phù hợp Hiệp định.
• Trình tự bốn bước (Điều 59): tiếp nhận → rà soát, phân tích → trao đổi quan điểm, đàm phán và xác nhận kết quả bằng văn bản → kết thúc và thực hiện.
• Tiếp nhận hồ sơ (Điều 60): khoản 1 kế thừa toàn bộ điểm d khoản 4 Điều 62 Thông tư 80/2021/TT-BTC; khoản 2 bổ sung việc tiếp nhận đề nghị MAP từ cơ quan thuế Bên ký kết.
• Giải quyết đơn phương (Điều 62, kế thừa Điều 14 Quy chế MAP): Cục Thuế có thể tự giải quyết không cần đàm phán với Bên ký kết, sau đó thông báo kết quả cho hai bên.
• Nguyên tắc "trọn gói" (Điều 63): người nộp thuế không được chấp nhận chỉ một phần dự thảo thỏa thuận chung; trường hợp phức tạp, hai nhà chức trách có thể chia thỏa thuận đề xuất thành các phần khác nhau. Tương tự, Điều 64 quy định không được rút từng phần đề nghị MAP.
• Xử lý nộp thừa (khoản 3 Điều 65): nếu thực hiện thỏa thuận MAP dẫn đến số thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số phải nộp, cơ quan thuế điều chỉnh nghĩa vụ và xử lý số nộp thừa theo pháp luật quản lý thuế; khoản 4 Điều 65 giao Cục Thuế theo dõi, giám sát việc thực hiện.

3. APA: nộp hồ sơ linh hoạt hơn, giám sát chặt hơn

Chương IV kế thừa Nghị định 126/2020/NĐ-CP và Thông tư 45/2021/TT-BTC, với các điều chỉnh chính:

• Hình thức và thẩm quyền (Điều 68, Điều 69 Thông tư 95/2026/TT-BTC): làm rõ APA song phương/đa phương là thỏa thuận giữa các cơ quan thuế trên cơ sở Hiệp định thuế. Theo khoản 1 Điều 69, Cục Thuế chủ trì toàn bộ quá trình; hồ sơ phức tạp, liên quan nhiều quốc gia thì báo cáo Bộ Tài chính trước khi đàm phán chính thức. Khoản 2 Điều 69 phân cấp xử lý APA đơn phương cho các đơn vị thuộc cơ quan thuế.
• Họp tham vấn không bắt buộc (Điều 70): người nộp thuế có thể trao đổi sơ bộ với cơ quan thuế trước khi nộp hồ sơ chính thức, nhưng đây không phải thủ tục bắt buộc.
• Hồ sơ theo Mẫu 01/APA-ĐN (Điều 71): bỏ quy định về số lượng bộ hồ sơ để phù hợp nộp điện tử; Mẫu 01/APA-ĐN dùng thống nhất cho cả hồ sơ gia hạn theo Điều 78 (cập nhật đơn giản hóa thủ tục theo Nghị định 373/2025/NĐ-CP).
• Dừng giải quyết mở rộng (Điều 75): áp dụng cho toàn bộ quá trình xử lý (không chỉ giai đoạn đàm phán); bổ sung trường hợp dừng khi người nộp thuế cung cấp thông tin sai, không đầy đủ, không trung thực mà không giải trình được.
• Nghĩa vụ tuân thủ hằng năm (Điều 77): người nộp thuế phải thông báo các thay đổi ảnh hưởng giả định trọng yếu, nộp báo cáo tuân thủ APA hằng năm theo thời hạn và nội dung tối thiểu quy định.
• Gia hạn tối đa 03 năm (Điều 78); sửa đổi APA bỏ điều kiện "do nguyên nhân khách quan" và bỏ "các trường hợp khác" (Điều 79); hủy bỏ APA bổ sung trường hợp không thực hiện nghĩa vụ báo cáo làm ảnh hưởng giám sát (Điều 80); thu hồi APA khi cố ý cung cấp thông tin sai hoặc gian lận ảnh hưởng việc ký kết, thực hiện (Điều 81).
• Bảo mật thông tin (Điều 82): thông tin, dữ liệu trong quá trình xử lý MAP, APA không được sử dụng trực tiếp phục vụ kiểm tra hoặc ấn định thuế đối với người nộp thuế.
• Giai đoạn đề nghị áp dụng tối đa 05 năm (khoản 2 Điều 83): người nộp thuế được đề nghị áp dụng APA cho giai đoạn liên tục tối đa 05 năm tính thuế kể từ năm nộp hồ sơ hoặc năm liền kề sau đó, dài hơn thời hạn hiệu lực tối đa 03 năm, để nếu đàm phán kéo dài, APA khi ký vẫn còn đủ 03 năm áp dụng thực tế.

4. Hiệu lực và chuyển tiếp

Theo Điều 84 Thông tư 95/2026/TT-BTC: Thông tư có hiệu lực từ 01/7/2026, thay thế Thông tư 205/2013/TT-BTC và Thông tư 45/2021/TT-BTC. Hồ sơ APA nộp trước ngày hiệu lực nhưng chưa ký kết và giai đoạn đề nghị áp dụng chưa kết thúc sẽ tiếp tục được giải quyết theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Thông tư này.

💡 Doanh nghiệp cần làm ngay

1. Doanh nghiệp nước ngoài kinh doanh qua nền tảng số tại Việt Nam: đánh giá lại rủi ro hình thành cơ sở thường trú theo điểm a khoản 2 Điều 14 - đây là thay đổi có thể làm phát sinh nghĩa vụ thuế TNDN tại Việt Nam.
2. Thương vụ M&A có yếu tố bất động sản: rà soát cách tính tỷ lệ giá trị bất động sản theo khoản 4 Điều 30 (bình quân ba thời điểm, kể cả chuyển nhượng gián tiếp) trước khi xác định quyền đánh thuế theo Hiệp định.
3. Hồ sơ miễn, giảm thuế theo Hiệp định: kiểm tra điều kiện "chủ sở hữu thực hưởng" theo các trường hợp loại trừ tại điểm a–g khoản 3 Điều 10; chuẩn bị nộp hồ sơ điện tử theo Điều 7.
4. Doanh nghiệp đang có hoặc dự kiến đề nghị APA: cập nhật Mẫu 01/APA-ĐN, chuẩn bị quy trình báo cáo tuân thủ hằng năm theo Điều 77 và cân nhắc đề nghị giai đoạn áp dụng 05 năm theo khoản 2 Điều 83; hồ sơ đang xử lý dở được chuyển tiếp theo Điều 84.
5. Tranh chấp áp dụng Hiệp định: lưu ý MAP và khiếu nại/tố tụng hành chính là hai kênh song song (Điều 54), nhưng nhà chức trách Việt Nam không giải quyết vụ việc tòa án đang hoặc đã xử lý.

>>> Tải Thông tư 95/2026/TT-BTC

>>> Tải Công văn 4736/CT-CS

Bản tin này do Crowe Vietnam tổng hợp nhằm mục đích cung cấp thông tin tham khảo chung, không cấu thành ý kiến tư vấn pháp lý, thuế hoặc kế toán cho bất kỳ trường hợp cụ thể nào. Quy định pháp luật có thể thay đổi hoặc đã hết hiệu lực tại thời điểm Quý độc giả tiếp cận bản tin. Vui lòng đối chiếu văn bản pháp luật gốc và liên hệ chuyên viên tư vấn của Crowe Vietnam trước khi áp dụng vào tình huống thực tế. Crowe Vietnam không chịu trách nhiệm đối với bất kỳ tổn thất nào phát sinh từ việc sử dụng thông tin trong bản tin này mà không có tư vấn chuyên môn kèm theo.