Trường hợp cá nhân và tổ chức thuộc đối tượng phải quyết toán thuế TNCN mà không nộp hoặc chậm nộp hồ sơ quyết toán thuế sau thời gian quy định trên sẽ bị xử phạt hành chính. Mức phạt được áp dụng căn cứ vào tính chất, mức độ vi phạm, và các tình tiết giảm nhẹ, tình tiết tăng nặng. Mức phạt đối với cá nhân bằng ½ mức phạt tiền đối với tổ chức. Theo quy định tại Điều 9, Thông tư 166/2013/TT-BTC, mức phạt áp dụng đối với tổ chức như sau:
“1. Phạt cảnh cáo đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn quy định từ 01 ngày đến 05 ngày mà có tình tiết giảm nhẹ.
2. Phạt tiền 700.000 đồng, nếu có tình tiết giảm nhẹ thì mức tiền phạt tối thiểu không thấp hơn 400.000 đồng hoặc có tình tiết tăng nặng thì mức tiền phạt tối đa không quá 1.000.000 đồng đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế cho cơ quan thuế quá thời hạn quy định từ 01 ngày đến 10 ngày (trừ trường hợp quy định tại Khoản 1 Điều này).
3. Phạt tiền 1.400.000 đồng, nếu có tình tiết giảm nhẹ thì mức tiền phạt tối thiểu không dưới 800.000 đồng hoặc có tình tiết tăng nặng thì mức tiền phạt tối đa không quá 2.000.000 đồng đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế cho cơ quan thuế quá thời hạn quy định từ trên 10 ngày đến 20 ngày.
4. Phạt tiền 2.100.000 đồng, nếu có tình tiết giảm nhẹ thì mức tiền phạt tối thiểu không thấp hơn 1.200.000 đồng hoặc có tình tiết tăng nặng thì mức tiền phạt tối đa không quá 3.000.000 đồng đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế cho cơ quan thuế quá thời hạn quy định từ trên 20 ngày đến 30 ngày.
5. Phạt tiền 2.800.000 đồng, nếu có tình tiết giảm nhẹ thì mức tiền phạt tối thiểu không thấp hơn 1.600.000 đồng hoặc có tình tiết tăng nặng thì mức tiền phạt tối đa không quá 4.000.000 đồng đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế cho cơ quan thuế quá thời hạn quy định từ trên 30 ngày đến 40 ngày.
6. Phạt tiền 3.500.000 đồng, nếu có tình tiết giảm nhẹ thì mức tiền phạt tối thiểu không thấp hơn 2.000.000 đồng hoặc có tình tiết tăng nặng thì mức tiền phạt tối đa không quá 5.000.000 đồng đối với một trong các hành vi sau đây:
a) Nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn quy định từ trên 40 ngày đến 90 ngày.
b) Nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn quy định trên 90 ngày nhưng không phát sinh số thuế phải nộp hoặc trường hợp quy định tại Khoản 9 Điều 13 Thông tư này.
c) Không nộp hồ sơ khai thuế nhưng không phát sinh số thuế phải nộp (trừ trường hợp pháp luật có quy định không phải nộp hồ sơ khai thuế).
d) Nộp hồ sơ khai thuế tạm tính theo quý quá thời hạn quy định trên 90 ngày, kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế nhưng chưa đến thời hạn nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm”.