Về nguyên tắc doanh nghiệp có dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế TNDN do đáp ứng điều kiện ưu đãi về địa bàn thì thu nhập được hưởng ưu đãi là toàn bộ thu nhập phát sinh từ hoạt động sản xuất kinh doanh của dự án đầu tư trên địa bàn ưu đãi trừ các khoản thu nhập không được hưởng ưu đãi theo quy định của Luật thuế TNDN (như chuyển nhượng dự án, chuyển nhượng bất động sản, khai thác khoáng sản, sản xuất, kinh doanh hàng hóa dịch vụ chịu thuế tiêu thụ đặc biệt).
Trường hợp doanh nghiệp đang hoạt động và được hưởng ưu đãi thuế TNDN có bổ sung ngành nghề kinh doanh thương mại mà doanh nghiệp không tăng vốn, không thực hiện đầu tư mở rộng để tăng tài sản thì thu nhập từ hoạt động thương mại được bổ sung không được hưởng ưu đãi thuế TNDN.